为保护生态，南通市重点实施了绿色堤岸建设工程、绿色通道建设工程、绿色村庄建设工程、绿色园区建设工程、湿地保护与恢复工程、森林抚育改造工程等六大工程。
2012年，南通市委、市政府下发了《关于推进新一轮绿色南通建设(2012～2018年)的意见》，以“两沿三园”建设为主体(即沿路、沿水、工业园区、农业园区、农村家园)绿化。
沿海高速、宁启高速南通段，新枝吐蕊，绿意尽染。233公里长、单侧宽30米的绿色通道，似恢弘巨笔，在江海平原以2万余亩的篇幅，拉开了“绿色南通”建设的帷幕。
积极推进“两沿”绿化。据统计，2012年，南通共流转土地营造生态片林3.87万亩，约占市任务2.71万亩的143％。其中:沿江沿海防护林工程1.54万亩、骨干河道全线绿化工程1.04万亩、骨干河道生态片林工程1.29万亩，分别占市下达任务的147％、101％和205％。
同时，大力推进产业集中区绿化建设，南通市确立“生态优先”的发展理念，高点定位，合理规划“三园”绿化，把园区绿化建成绿化的示范窗口，确保园区林木覆盖率达到25％以上、绿化覆盖率达到35％以上，并实施了南通滨海园区、苏通科技产业园区、海门市临江新区、滨海新区、启东滨海工业园、滨海精细化工园等一批产业集中区绿化隔离带建设。
南通市还大力实施重点生态公益林保护工作，完成了县级林地保护利用规划编制工作，22.69万亩的省级生态公益林补偿资金发放到位。为进一步提高造林保存率，南通市启动了保存率核查制度，造林成活率和保存率均在95％以上，造林质量和管护措施得到明显提升。
经核实，2012年南通新增造林面积20.6万亩，其中成片林14.9万亩，均位居全省第三。新造林核实率、合格率均为98.8％，造林保存率为100％，均超历史水平。